App 介绍

分子对接是一种通过计算机模拟快速评估候选分子与蛋白质受体结合亲和力的方法。由于其高通量、快速和良好的富集能力，它在药物设计的早期阶段被广泛用于虚拟筛选，以在大规模分子库中寻找潜在的活性分子。

由DPTechnology开发的Uni-Dock是一个GPU加速的分子对接引擎，可以在GPU上以超过单个CPU 3000倍的速度完成虚拟筛选任务。2023年6月，Uni-Dock作为封面文章登上了《化学理论与计算》杂志[1]。在最新版本Uni-Dock v1.1中，虚拟筛选速度可达0.03秒/配体。这意味着使用100个GPU集群，您只需8.3小时就能完成1亿个分子的虚拟筛选。

Uni-Dock是由DeepModeling社区孵化的开源软件，并在LGPL许可下可用。任何人都可以在GitHub上访问Uni-Dock的最新版本。

这个应用程序基于最新版本的Uni-Dock，并旨在简化安装和部署过程，同时利用Bohrium的大量计算资源提供端到端的快速虚拟筛选服务。

下面展示了Uni-Dock进行单配体分子对接和多配体虚拟筛选的速度：

最佳实践（optional）

Example 1

• Inputs：

  • protein
  • ligand
  • box_parameters: {center_x: -16, center_y: -17, center_z: -26, size_x: 25, size_y: 25, size_z: 25}

• Outputs(For reference only, the scores may not be the same)：

  • Result files in outputs folder.
  • Score table:

  

参考文献

[1] Yu Y, Cai C, Wang J, et al. Uni-dock: Gpu-accelerated docking enables ultralarge virtual screening[J]. Journal of chemical theory and computation, 2023, 19(11): 3336-3345.

引用格式

Uni-Dock

@article{yu2023uni,
  title={Uni-dock: Gpu-accelerated docking enables ultralarge virtual screening},
  author={Yu, Yuejiang and Cai, Chun and Wang, Jiayue and Bo, Zonghua and Zhu, Zhengdan and Zheng, Hang},
  journal={Journal of chemical theory and computation},
  volume={19},
  number={11},
  pages={3336--3345},
  year={2023},
  publisher={ACS Publications}
}