分子动力学应用程序简介

核心技术

本应用程序基于 OpenMM 模拟引擎，这是一个高性能的分子模拟库，专门为生物分子设计，提供了强大的GPU加速功能。结合我们自研的 Unitop Topology Builder，用户能够轻松构建复杂的生物分子拓扑结构，从而实现高效准确的模拟。

主要特点

• 生物体系模拟：特别优化用于蛋白质与配体等生物大分子的相互作用模拟，支持广泛的生物体系研究。
• 高效的拓扑构建：通过深势科技自主研发的 Unitop Topology Builder，用户可以轻松自动生成生物分子的拓扑结构，加速模拟准备过程。
• GPU加速计算：利用 OpenMM 引擎的GPU加速功能，显著提高模拟速度，使复杂模拟变得手到擒来。
• 分析功能集成：提供原生的分析工具，帮助用户评估和解释模拟结果，如蛋白质二级结构分析，蛋白质主成分分析，蛋白质RMSD、RMSF分析等。

应用场景

适用于学术研究、药物开发和生物工程等领域，帮助科研人员和工程师深入理解分子层面的生物过程，加速新药的研发和生物技术的创新。

最佳实践: 更多关于输入和输出的细节，请看帮助文档。

Example 1

• 输入： tyk2.dms ejm_31.sdf

• 输出： 除了基本的模拟轨迹和模拟结束时的构象外，还提供基本的分析功能。对于这些分析的具体解释参考用户文档。