App简介

ProMod3是一个基于OpenStructure计算结构生物学框架的建模引擎，它能够执行通过同源性生成蛋白质模型所需的所有步骤。

更多详细信息和文档可以在OpenStructure官网找到。源代码可以在Git仓库中获取。

使用说明

• 如果序列比对已完成，则直接进入 ProMod3 提供的模板结构预测；
• 如果没有，请先运行 MAFFT 提供的目标-模板比对功能。

1. 目标-模板比对：

• 目标序列：上传包含一个序列的扩展名为 .fasta 的文件。
• 模板序列：上传包含一个序列的 .fasta 扩展名文件。
• 输出：输出扩展名为 .fasta 的序列比对文件。

2. 模板结构预测：

• 目标-模板比对：上传以 .fasta 或 .clustal 为扩展名的目标-模板比对文件。目标序列应放在前面。
• 模板结构：上传扩展名为 .pdb 的结构文件。
• 输出：输出以 .fasta 为扩展名的结构比对文件。

参考文献

• Kazutaka Katoh, Daron M. Standley, MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability, Molecular Biology and Evolution, Volume 30, Issue 4, April 2013, Pages 772–780, https://doi.org/10.1093/molbev/mst010
• Studer G, Tauriello G, Bienert S, Biasini M, Johner N, Schwede T (2021) ProMod3—A versatile homology modelling toolbox. PLoS Comput Biol 17(1): e1008667. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008667