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玄铸计算平台案例5-Au(111)表面能计算
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蒲亚红
玄铸(AtomSmith)
更新于 2025-05-22
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表面能的定义及物理意义
表面能的定义及公式
表面能的物理意义
文献计算结果
传统建模计算过程(MS+VESTA+VASP)
建模过程
Au-bulk建模
Au(111)表面建模
计算过程
Au-bulk和Au(111)表面
表面积计算
Au(111)面表面能计算
使用 MatModeler 进行建模计算
Au-bulk建模及计算
建模
计算
查看计算结果
Au(111)表面建模及计算
建模
Au-bulk和Au(11)表面能量计算
查看计算结果
Au(111)面表面能计算
总结

表面能的定义及物理意义

表面能的定义及公式

单晶表面(来源:https://www.sciencedirect.com/topics/materials-science/single-crystal-surface)
单晶表面(来源:https://www.sciencedirect.com/topics/materials-science/single-crystal-surface)

表面能(Surface Energy)是由于暴露表面而导致的表面层分子比体相分子所多出的自由能,它反映了表面分子由于受力不对称而具有的额外能量状态。

表面能的计算公式如下:

弛豫后的slab模型的总能量(即材料切出表面后的体系能量)。

体相的能量(切之前的完整块体能量);

是表面积;

系数 1/2 是因为我们不能做半无限体系,所以使得上下两个面一样,这样就可以让多出来的能量平均的两个面上。

表面能的物理意义

表面能越高,说明材料表面越不稳定,表面原子处于较高能量状态。这是因为表面原子与内部原子相比,配位较少,导致它们的相互作用力较弱。表面能的意义就在于它描述了表面原子能量的变化,以及材料在切割或暴露表面时所需要的额外能量。

此外,表面能的大小直接与材料的表面活性相关。表面能受表面原子配位不饱和度的影响,表面能越高,通常表示表面反应性越强,在诸如催化反应、润湿性、涂层和材料设计等多个领域有着重要的应用。例如,在催化过程中,表面能较高的材料更容易吸附反应物,激活反应。

代码
文本

文献计算结果

J. Phys. Chem. C 2016, 120, 23698−23706

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcc.6b09687

关注该文献中采用PBE交换-关联泛函计算得到的Au(111)表面能的结果是

计算软件和参数设置 VASP, PBE, Force <= 0.01 eV/Å
k-point 晶胞参数 真空层 层数
Au bulk (fcc) 18*18*18 a = b = c = 4.157 Å
Au(111) surface 20*20*1 30 Å 9
代码
文本

传统建模计算过程(MS+VESTA+VASP)

根据表面吸附能公式可知,我们需要通过第一性原理计算得到两个能量值(Au的bulk能量、Au(111)表面能量),一个Au(111)表面面积,最后,按公式计算得到表面能。

为此我们需要针对两种体系分别进行建模和计算,以下是具体的建模计算过程。

体相Au的数据来自数据库Materials Project; Au(111)表面构型使用 Materials studio 完成;数据格式通过VESTA软件转换;slab模型原子固定操作通过UltraEdit软件完成;计算任务通过 VASP 完成。

建模过程

Au-bulk建模

直接从Materials Project数据库中导出Au的fcc构型,通过vesta软件将Au.cif文件转为vasp可识别的POSCAR文件

传统方法对Au-bulk进行建模与格式转换
传统方法对Au-bulk进行建模与格式转换图

Au(111)表面建模

先对上一步从数据库导出的Au体相文件进行优化

将优化好的体相构型Au.cif导入Materials Studio切出Au(111)表面,并导出Au(111).cif文件

通过vesta软件将数据格式转为vasp计算可识别的POSCAR文件

通过UltraEdit软件对原子进行固定操作

传统方法对Au(111)表面进行建模与格式转换
传统方法对Au(111)表面进行建模与格式转换

计算过程

Au-bulk和Au(111)表面

进行VASP计算,需要手动准备 POSCAR POTCAR KPOINTS INCAR,在服务器上提交还需准备脚本文件,这一过程非常繁琐。

首先要将MS建模中的 .xsd 文件转化为POSCAR文件,并且在 POSCAR 对其中原子进行手动固定(建模过程已操作)。INCAR文件更是涉及到许多参数。POTCAR文件则需要依靠命令行进行输入,过程十分繁琐。具体过程不再展示,这里仅以Au(111)表面为例将输入文件进行展示

INCAR
INCAR
POSCAR
KPOINTS
POTCAR
POTCAR
POSCAR
POSCAR

表面积计算

计算原理: ab面的表面积可通过晶格向量的叉积模计算:

此构型中晶格参数为:

带入数值,可得 Au(111) 面表面积为:

Au(111)面表面能计算

按指令查看vasp计算得到的Au-bulk和Au(111)表面的结果

vasp得到的Au-bulk和Au(111)表面能量
vasp得到的Au-bulk和Au(111)表面能量
根据公式,Eslab就是指的Au(111)表面的能量

计算显示Au(111)面的表面能为, 与文献值()接近,差距可能来自不同计算软件带来的误差,在合理范围内。

代码
文本

使用 MatModeler 进行建模计算

以下建模计算过程均通过Bohrium平台的MatModeler APP完成。

https://bohrium.dp.tech/apps/matmodeler)

Au-bulk建模及计算

建模

从内置数据库中导入Au晶胞

新建文件 - 从数据库中导出 - 从晶体材料数据库导入,选择仅包含输入元素,在下方元素周期表中选中Au进行检索。此处选择了形成能最低的FCC结构。(越低的形成能表示该结构越稳定)

利用MatModeler对Au-bulk结构建模
利用MatModeler对Au-bulk结构建模

计算

建模完成后点击右侧边栏的 请选择APP,选择Q-mat,进行任务参数配置,选择从可视化窗口导入,选择当前文件(Au.cif),点击确认,job-type 选择optimization。 K-points along a/b/c,分别设置为18/18/18.选择使用的服务器,点击提交。

利用MatModeler进行Au-bulk结构优化
利用MatModeler进行Au-bulk结构优化

查看计算结果

点击最近任务,选择对应任务ID。

可以在任务详情中看到任务日志及输出文件,选择output文件STRU_energy.cif可以看到计算结果,点击操作下方的保存至可导出优化后的结构到工作台。在任务报告中可以读取能量数据,这里Au-bulk的能量为-14950.391708 eV。

MatModeler中对Au-bulk的计算结果
MatModeler中对Au-bulk的计算结果

Au(111)表面建模及计算

建模

先对上一步从数据库导出的Au体相文件进行优化

将优化好的体相构型Au.cif导入,然后进行切面

选择‘晶胞’→‘切面’,在弹出界面修改h/k/l为1/1/1,设定厚度和真空层,点击确认。

利用MatModeler对Au(111)表面结构建模
利用MatModeler对Au(111)表面结构建模

Au-bulk和Au(11)表面能量计算

建模完成后点击右侧边栏的 请选择APP,选择Q-mat,进行任务参数配置,选择从可视化窗口导入,选择当前文件(Au_111.cif),点击确认,job-type 选择optimization。 K-points along a/b/c,分别设置为18/18/18.选择使用的服务器,点击提交。

利用MatModeler对Au(111)表面结构优化
利用MatModeler对Au(111)表面结构优化

查看计算结果

点击最近任务,选择对应任务ID。

可以在任务详情中看到任务日志及输出文件,选择output文件STRU_energy.cif可以看到计算结果,点击操作下方的保存至可导出优化后的结构到工作台。在任务报告中可以读取能量数据,这里Au(111)表面的能量为-134550.56787 eV。

MatModeler中对Au-bulk的计算结果
MatModeler中对Au-bulk的计算结果
!

表面积计算 计算原理:ab面的表面积可通过晶格向量的叉积模计算: 此构型中晶格参数为:

带入数值,可得Au(111)面表面积为

Au(111)面表面能计算

两个能量结果:Ebulk=-14950.391708 eV, Eslab=-134550.56787 eV 表面积:

根据公式,Eslab就是指的Au(111)表面的能量

计算显示Au(111)面的表面能为, 与文献值(,)接近,差距可能来自不同计算软件带来的误差,在合理范围内。

代码
文本

总结

相比传统建模流程,MatModeler在一体化操作上展现出显著优势。

传统方法往往需要在Materials Studio完成建模,在VESTA中进行数据格式转换,再借助UltraEdit手动固定原子,多个软件间频繁切换,不仅操作繁琐,出错率也较高。

相比之下,MatModeler将建模、切割晶面、固定原子到计算提交全过程集成于统一平台,所有操作均可在图形界面中一次完成,极大提升了整体效率与使用体验。简洁流畅的一体式流程,使材料计算工作变得更加高效、便捷。

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评论
  ## 传统建模计算过程(MS+VEST...

Hui_Zhou

05-22 07:08
这个动图有点太大了
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