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1.1_基础通用功能
“药物计算工具应用”师资培训
药物设计计算工具应用
“药物计算工具应用”师资培训药物设计计算工具应用
songk@dp.tech
发布于 2024-02-29
推荐镜像 :Basic Image:ubuntu22.04-py3.10
推荐机型 :c2_m4_cpu
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师资培训(v5)

通用

1. 注册和登录

  • 首次使用Hermite®平台时,您需要注册账号。在浏览器地址栏中输入https://hermite.dp.tech,打开Hermite登录页面:

import_structure

  • 点击Create New Accout创建新帐号。输入注册Email地址后,点击Get Verification Code按钮获取注册验证码。此时系统会自动发送验证码到您的注册邮箱。

    • 注:如果您在5分钟内仍未收到验证码邮件,请先检查邮件是否被您的邮件系统识别为垃圾邮件。若确定未收到验证码邮件,可联系Hermite官方运营人员帮忙处理。
  • 输入注册的手机号后,点击Get Verification Code按钮获取注册验证码,系统会自动发送验证码到您的手机短信中。

    • 注:如果您在5分钟内仍未收到短信验证码,可联系Hermite官方运营人员帮忙处理。

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  • 输入验证码和新的账户密码后,点击Register按钮完成新用户的注册。

2. 通用菜单栏

  • 首次进入Herimite®平台,您会自动进入主界面,同时,Hermite®平台采用Project方式管理您的研究工作和计算任务。主界面包含Hermite®平台4大图形化窗口以及左侧通用菜单栏。左侧菜单栏的功能包括:

File

Import Structure

  • 详见《图形化功能》部分。

Get PDB

  • 详见《图形化功能》部分。

Function

Structure Modeling Protein Preparation
Protein Folding
EM Structure Fitting
Virtual Screening Ligand Preparation
Docking
Induced Fit Docking
Virtual Screening Workflow
Binding Affinity Evaluation MM PB/GBSA Structure
FEP Calculation
FEP Analysis
FEP Protein Mutation
Biomacromolecule Antibody Folding
Sequence Alignment
Antibody Numbering
Antibody Humanization
Antibody Properties
Nanobody Properties
PTM Prediction
Protein-Protein Docking
Protein-Protein Interaction
AI Protein Mutation
Molecule Recommendation Uni-QSAR
General Aquasite
Protein Alignment

Windows

import_structure

  • 唤起Hermite平台常驻的窗口(任一图形化四组件)。

  • 唤起您已经激活的功能(即,您使用过程中最小化的功能从这里再次进行)。

  • 还原页面默认布局。

Job List

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  • 可以查看历史全部的Job,并且通过点击Job Name列下的任务名进入该Job。

  • 支持按照Job Name、Job ID、Job Status、Job Type、Project Name、Project ID、Start Time和End Time进行搜索。

  • 支持按照Job Name、Job Status、Start Time和End Time进行排序。

  • Operation下的操作:

    • Show:展示该Job的结果;

    • Log & Paramas:日志和参数,在您任务计算失败,需要寻求Hermite官方运营人员帮助时,一并提供的信息,便于我们快速帮您定位问题;

    • Download:下载该Job的相关文件;

    • Cancel:取消该任务,取消任务并非暂停,一旦取消该任务后,如果需要再次运行,需要去Functions中重新计算;

    • Delete:删除该任务。

Project

New Project

  • 为新的研究计算体系创建独立的Project,具体步骤:通用工具栏Menu → Project → New Project → 命名新Project → 点击Apply → 自动跳转新页面(默认打开4大图形化窗口)。

Save Project

  • 手动保存当前Project下图形化界面的展示状态和各种激活功能的参数,具体步骤:通用工具栏Menu → Project → Save Project;或者快捷键方式:Ctrl+S(Win系统)/ Command+S(OSX系统)。

    • 注:您进行重要操作后,希望您进行数据保存;同时,为了最大程度便捷您的工作,Hermite作为SaaS云平台,会定期自动保存您在本地浏览器的项目数据至您的云端账号。

Project List

  • Project List 提供了您在Hermite平台的历史项目的全方位管理,支持通过点击Project Name列下的项目名进入该Project。

  • 支持按Project Name、Last Modified Time、Create Time进行搜索和排序。

  • Operation下的操作:

    • Add to Favorite:收藏该项目,收藏的项目可在Favorite分类中查看;

    • Delete:删除该项目,删除的项目可在Recycle分类中查看;

    • Rename:对该项目重命名。

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Help Center

  • 帮助文档,包含首页、动态与公告、软件案例、操作手册、获取更多帮助。

Saving to the Cloud

  • 将当前任务保存至云空间。

用户中心

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  • My Balance:记录了资源包使用情况及其余量;

  • User Center:记录了用户信息,包含邮箱、手机号,并可更改用户信息及密码。

  • Edit Information:编辑个人信息,包含用户名称、手机号、单位名称;

  • Change Password:修改密码。

  • Setting:支持设置3D Workspace内的标签的颜色、尺寸、字体类型,以及3D Workspace界面的背景颜色。点击Apply即可更改设置。

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  • Upload Log:上传日志。

  • Download Log:下载日志。

  • Export .Stl:导出为 .stl格式文件。

  • Sign Out:推出登录。

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