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DeePMD 使用教程、科研案例、问题收集合集
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- 技术问题:是软件安装、运行报错、参数设置和原理探讨等
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发布日期:2023-09-17 17:00
更新日期:2023-09-20 14:30
写在前面
本合集主要汇总 DeePMD、DPGEN 相关的使用教程和各领域学者的科研实践案例,旨在帮助新人用户快速上手使用,了解 DP 在不同领域的最新研究进展,共同探索 DP 的全新可能。
本合集第三部分收录了部分优质 Bohrium Notebooks 案例。我们期待未来所有基于 DP 的使用教程和科研应用案例都有对应的 Bohrium Notebooks 文档,将文字、图片、文档和可执行的代码综合在一起,让知识在云端“跑”起来!
此外,我们还希望借此机会收集用户在使用 DP 进行科学探索时遇到的各类典型问题,并计划邀请社区志愿者或资深研究员、开发者,撰写 Bohrium Notebooks 进行深入解答与探讨。
注意事项:
- 本合集标题的形式多为:“时间-平台-原标题”。按照发布日期降序排序。
- 标有 Logo的部分可以直接在Bohrium Notebook上打开。外部链接暂时无法在小程序中打开,如需了解请使用网页版打开。
- 更多关于 Bohrium Notebooks 的介绍详见 AI4S 与 AIGC 时代,云上 Notebook 将如何革新教学与科研体系
- 如有任何疑问或建议,可在侧边栏直接评论,或者添加深度势能小编(WX:deeppotential),加入微信群交流。
一、DeePMD、DPGEN 使用教程
1.1 原始论文
- 20230801-论文-DeePMD-kit v2: A software package for deep potential models
- 20200211-论文-DP-GEN: A concurrent learning platform for the generation of reliable deep learning based potential energy models
- 20180322-论文-DeePMD-kit: A deep learning package for many-body potential energy representation and molecular dynamics
1.2 GIthub 主页及文档
- 项目主页-deepmd-kit: A deep learning package for many-body potential energy representation and molecular dynamics
- 项目主页-dpgen: The deep potential generator to generate a deep-learning based model of interatomic potential energy and force field
- 项目文档-DeePMD-kit documentation
- 项目文档-DP-GEN documentation
1.3 快速上手,云上实战
- 20230609-Bohrium Notebook-快速开始 DeePMD-kit|训练甲烷深度势能分子动力学模型
- 20230609-Bohrium Notebook-从 DFT 到 MD|超详细「深度势能」材料计算上手指南
1.4 系列教程,深入了解
- 20230516-B站视频-张与之:DeePMD原理介绍与上机实践
- 20230418-B站视频-杨满意:增强采样上机实战
- 20230418-B站视频-胡俊伟:DP案例实战
- 20221229-B站视频-张雨佳:深度学习训练(DeePMD-kit 之NVNMD模型训练) + NVNMD上机实战(逐步操作教程)
- 20221229-B站视频-王一博:主动学习训练(DP-GEN调用DFT生成训练数据集)
- 20221229-B站视频-王一博:DeePMD上机实践
- 20221202-B站视频-DP答疑交流活动第十期: DeePMD se_a模型解析
- 20221129-B站视频-彭星亮:ABACUS-DP-GEN
- 20221122-B站视频-DP答疑交流活动第九期:科学计算视角下的容器使用
- 20221104-B站视频-DP答疑交流活动第六期:DeePMD-kit上机实践
- 20221028-B站视频-DP答疑交流活动第五期:模型推断
- 20221025-B站视频-DP答疑交流活动第四期-DeePMD-kit模型训练与测试
- 20221016-B站视频-张泽中:dflow + DeePMD-EM -- 考虑真实声子的电子衍射
- 20221011-B站视频-DP答疑交流活动第三期:DeePMD-kit参数设置
- 20221008-B站视频-DP答疑交流活动第二期:数据准备
- 20220930-B站视频-DP答疑交流活动第一期:DP方法与软件介绍
- 20220824-知乎-【DP-GEN教程】DP-GEN运行 无痛上手指南--LiSi晶体的DP势函数构建
- 20220824-知乎-【DP-GEN教程】DP-GEN init 无痛上手指南
- 20220709-B站视频-Hands-on session 6: Concurrent learning with DP-GEN
- 20220402-B站视频-DP-GEN machine.json输入文件配置
- 20220304-B站视频-【教程】DP开发者亲授:一节课学透DeePMD-Kit原理
- 20220303-B站视频-DeePMD-kit和DP-Gen安装
- 20211220-B站视频-科学计算在电化学中应用-上机
- 20211220-B站视频-科学计算在电化学中应用-讲座
- 20210904-知乎-【DeePMD教程】简单操作,训练加速3倍|DP压缩训练功能上线
- 20210809-B站视频-DeePMD模型压缩高性能优化(model compression介绍)
- 20210723-B站视频-【教程:原理 + 实战快速了解】Hackathon_2_DeePMD-kit
- 20210713-知乎-【DeePMD教程】一键操作,十倍加速——DP模型压缩功能新鲜出炉
- 20210527-知乎-【DP系列教程-08】DeePMD-kit拟合Dipole / Polarizability
- 20210424-知乎-【DeePMD教程】曾晋哲:5分钟内完成DeePMD-kit的安装
- 20210307-知乎-【DP视频教程-01】DeePMD-kit视频教程
- 20210208-知乎-【DP系列教程-07】DP-GEN之增强采样
- 20210207-知乎-【DP系列教程-06】DP-GEN之甲烷力场构建
- 20210202-知乎-【DP系列教程-05】DeePMD-kit 的restart 和 init-model 工具
- 20210130-知乎-【DP系列教程-04】训练数据不会搞怎么办?深度势能模型一跑就崩怎么办?
- 20210129-知乎-【DP系列教程-03】5分钟之内学会用深度势能做推断
- 20210128-知乎-【DP系列教程-02】DeePMD-kit:conda安装 & 离线安装 & docker 安装
- 20210127-知乎-【DP系列教程-01】如何在5分钟之内setup一个DeePMD-kit训练
二、DeePMD、DPGEN 实践案例
- 20230916-知乎-DP+ABACUS还能干这个:钙钛矿氧化物通用力场UniPero
- 20230914-知乎-DP还能干这个?含能材料Chapman-Jouguet爆轰反应的深度势能分子动力学研究
- 20230911-知乎-DP还能干这个?发展过渡金属氧化物正极材料的共线DeePSPIN模型
- 20230830-知乎-DP还能干这个?Nature Catalysis 杂志报道原位动态研究表面催化反应的工作
- 20230817-知乎-DP还能干这个?Science杂志报道DeePMD揭示盐溶液介电常数奇异性的工作
- 20230630-B站视频-陈涛:基于DP探索锡元素的相图和温稠密物质模拟
- 20230615-知乎-DP还能干这个?高熵合金研究见刊Nature
- 20230613-知乎-DP还能干这个?DeePMD用于锂单质高压相结构搜索
- 20230612-知乎-DP还能干这个?探索锡元素的相图模拟
- 20230607-B站视频-陈博:DP在极端条件下的应用
- 20230607-B站视频-曾启昱:极端条件下的DP势函数构造
- 20230607-B站视频-戴佳钰:极端条件下的电子和原子尺度科学问题
- 20230606-B站视频-Tongqi Wen: Deep Potentials for Alloys and Metallic Glasses
- 20230518-B站视频-王锋:计算电化学在电解液材料中的应用
- 20230509-知乎-DP还能干这个?结合贝叶斯全局优化高效搜索熔点最高的材料
- 20230420-知乎-DP还能干这个?模块化开发复杂固溶体深度势
- 20230418-知乎-DP还能干这个?DP助力:探索地球内核各向异性新机理
- 20230413-知乎-DP还能干这个?DeePMD用于揭示高度去锂的LixCoO2正极材料中过渡金属迁移与氧二聚体形成的动力学关联
- 20230410-B站视频-拓娉:DeePMD用于研究有机无机复合钙钛矿的XRD衍射谱峰异常现象
- 20230410-B站视频-胡太平:DeePMD用于探索锂电池SEI膜中锂离子扩散机理
- 20230410-B站视频-傅方佳:DeePMD用于研究锂硅负极脱嵌锂过程中的相变和结构演变
- 20230410-B站视频-王晓旭:AI for Science时代电池研发自动化设计与实践平台:Piloteye
- 20230407-B站视频-何宇:DP助力----探秘神奇的地球内心世界
- 20230310-B站视频-汪硕:原子态密度(DOAS)揭示快离子导体中的无序阻挫态机制和扩散机理
- 20230224-知乎-DP还能干这个?计算电化学揭示盐包水电解液揭示SEI生成的电化学热力学
- 20230222-知乎-DP还能干这个?原子态密度(DOAS)揭示快离子导体中的无序阻挫态机制和扩散机理
- 20230127-知乎-DP还能干这个?QDπ:DP在药物发现领域的应用(一)
- 20230116-B站视频-谢品臣:从DeePMD中学习粗粒化动力学: Ab Initio Generalized Langevin equation
- 20230101-B站视频-吴宏宇:DP还能干这个?基于DP和量子热浴的凝聚态物质量子效应的研究
- 20221230-知乎-DP还能干这个?DeePMD用于揭示锂离子电池SEI膜主要成分中锂离子的扩散机理
- 20221223-B站视频-杨满意:DP还能干这个?DP-GEN + 增强采样在稀有事件体系中的应用
- 20221220-知乎-DP还能干这个?DP结合Quantum Thermal Bath描述SrTiO3中奇妙的晶格量子效应
- 20221205-知乎-讲座预告 | 曾晋哲:DP还能干这个?DP在酶设计与药物发现领域的应用
- 20221127-知乎-DP还能干这个?DP揭开负热膨胀和压力诱导非晶机制之谜
- 20221114-B站视频-DP答疑交流活动第八期:DP还能干这个?第一作者分享催化机理研究进展
- 20221110-知乎-讲座预告 | DP还能干这个?第一作者分享催化机理研究进展
- 20221106-知乎-DP还能干这个?催化剂烧结机理研究
- 20221101-知乎-DP还能干这个?深度剖析DeePMD在溶液反应中的应用(三)
- 20221029-知乎-DP还能干这个?DeePMD在高压氢体系的应用
- 20221018-知乎-DP还能干这个?DeePMD在玻璃体系中的应用
- 20221014-知乎-DP还能干这个?使用DeePMD对摩尔石墨烯体系的摩尔声子和奇异电荷序的相关研究
- 20221011-知乎-DP还能干这个?DeePMD用于研究有机无机复合钙钛矿的微观结构
- 20220924-知乎-最新研究进展 | 针对燃烧反应源项预测的深度神经网络采样方法
- 20220920-知乎-ABACUS新进展:用混合随机密度泛函理论方法模拟极端高温物质电子性质
- 20220829-B站视频-张铎:基于DeePMD的可迁移大规模预训练模型
- 20220729-知乎-DP还能干这个?结合虚拟现实技术,研究新型含能材料
- 20220708-知乎-DP还能干这个? DP用于计算顺磁电池材料动态NMR化学位移
- 20220628-知乎-DP还能干这个?DeepDOS模型介绍
- 20220625-知乎-DP还能干这个?PbTiO3的奥德赛:从密度泛函到朗道理论
- 20220623-知乎-DeePKS+ABACUS:构建高精度第一性原理计算与机器学习势函数的桥梁
- 20220612-知乎-DP还能干这个?DP在原子层沉积 (ALD) 反应中的应用
- 20220608-知乎-DP还能干这个?DP揭开空气/水界面中酸的酸性之谜
- 20220525-知乎-DP能干这么多?DP在材料科学中的应用综述
- 20220514-知乎-DP还能这么跑?基于非冯·诺依曼架构的DP高速计算
- 20220430-知乎-DP还能干这个?DP在含能材料热解反应中的应用
- 20220322-知乎-DP还能干这个?DP用于TCAD中构建半导体掺杂原子迁移模型
- 20220303-知乎-DP还能干这个?深度势能描述氘的超固体相
- 20220217-知乎-DP还能干这个? DP模拟揭示盐溶液的微观结构
- 20220214-知乎-DP还能干这个?DP在金属钛和钛合金力学性质中的应用(一)
- 20220114-B站视频-DP在陶瓷晶界中的应用:晶界偏聚诱导高温高强UHTC----从传统UHTC到高熵UHTC
- 20220112-知乎-DP还能干这个?——transfer learning应用之D3修正
- 20220106-知乎-DP还能干这个? 考虑长程静电相互作用的DP模型——DPLR
- 20211029-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP在溶液反应中的应用(一)
- 20211021-知乎-DP还能干这个?DP在金属玻璃研究中的应用
- 20211009-知乎-DP还能干这个?DP描述双温状态与流体力学尺度的动力学行为
- 20210917-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP在铁电材料中的应用
- 20210821-知乎-DP还能干这个? DP-GEN + 增强采样揭开磷的液-液相变之谜
- 20210807-B站视频-深度势能在电池材料原子尺度计算模拟中的应用-黄剑兴 博士+林敏 博士
- 20210615-知乎-DP还能干这个?水相图的银子弹——有种水相图叫DP水相图
- 20210510-知乎-DP还能干这个?DP助力北京大学李新征课题组提出关于凝聚态体系动力学状态描述的新理论
- 20210408-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP-GEN+增强采样在溶液中化学反应的应用
- 20210401-知乎-机器学习势函数赋能顺磁电池材料NMR解谱
- 20210319-知乎-DP还能干这个?DeePMD揭示水气凝胶吸收污染物N2O5的原理
- 20210308-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP在研究高熵材料中的应用
- 20210212-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP在电池材料中的应用
- 20210206-知乎-DP还能干这个?孙建教授等人借助DP发现金属钙高压相中的一维链状协同扩散
- 20210205-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP在温稠密物质研究中的应用
- 20210204-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP在材料辐照损伤MD中的应用
- 20210203-知乎-DP还能干这个?深度剖析DP在燃烧反应中的应用
三、Bohrium Notebooks 典型案例分享
- 20230919-Bohrium Notebook-DeePMD-kit 的 Python 接口使用教程
- 20230917-Bohrium Notebook-不优雅地用DP预测标量 | 以原子电荷为例
- 20230915-Bohrium Notebook-快速上手DeePMD数据集准备 | CP2K篇
- 20230903-Bohrium Notebook-利用 Deep Potential 框架预测物质的电荷密度
- 20230831-Bohrium Notebook-AI4S时代玩转分子动力学?看看你能到第几层!
- 20230806-Bohrium Notebook-关于经典分子动力学模拟,不可不知的力场知识
- 20230801-Bohrium Notebook-Simulating the write operation process of phase-change memory based on deep potential
- 20230731-Bohrium Notebook-电池传输特性评估:扩散系数与阿伦尼乌斯方程应用
- 20230730-Bohrium Notebook-Hands-on PIMD | a quick guid on how to study nuclear quantum effects
- 20230729-Bohrium Notebook-使用深度势能分子动力学进行固态电解质研究实战
- 20230723-Bohrium Notebook-ddd!DPA-1遇见指南 | 固态电解质实战之模型训练篇
- 20230714-Bohrium Notebook-红外/拉曼光谱计算工作流
- 20230714-Bohrium Notebook-Deep Dipole (Deep Wannier) 模型
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机器学习与DFT精华帖
gtang
更新于 2024-09-10
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DeepMD-kit与lammps
bohrb27761
更新于 2024-06-19
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