序列比对工具 MMseqs

目录

• 简介
• 命令行实现
• 在线使用

简介

MMseqs（Many-against-Many sequence searching）是一种用于大规模蛋白质和核酸序列比对和相似性搜索的生物信息学工具。MMseqs2的运行速度比BLAST快10000倍，而且在更快的速度下仍能保持相当高的灵敏度，尤其在进行轮廓搜索时，其速度远远超过了PSI-BLAST。这使得MMseqs2成为处理大规模序列数据时的有力工具，尤其是在需要高速和高灵敏度的情况下。

命令行使用

git clone https://github.com/soedinglab/MMseqs2.git
cd MMseqs2
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make
make install 
export PATH=<span class="katex"><span class="katex-html" aria-hidden="true"><span class="base"><span class="strut" style="height:1em;vertical-align:-0.25em;"></span><span class="mopen">(</span><span class="mord mathnormal" style="margin-right:0.02691em;">pw</span><span class="mord mathnormal">d</span><span class="mclose">)</span><span class="mord">/</span><span class="mord mathnormal">bin</span><span class="mord">/</span><span class="mspace" style="margin-right:0.2778em;"></span><span class="mrel">:</span></span></span></span>PATH

进一步可以查看 mmseqs 的一些用法的帮助文件：

mmseqs easy-search -h

mmseqs easy-search query.fasta target.fasta result.m8 tmp

更多细节可以查看用户说明手册。

在线使用

该团队目前开发了在线服务器demo，但是缺乏资源来托管，用户可持续关注该工具的在线使用恢复。

参考

• Steinegger M and Soeding J. MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets. Nature Biotechnology, https://doi.org/10.1038/nbt.3988 (2017).
• Steinegger M and Soeding J. Clustering huge protein sequence sets in linear time. Nature Communications, https://doi.org/10.1038/s41467-018-04964-5 (2018).
• Mirdita M, Steinegger M and Soeding J. MMseqs2 desktop and local web server app for fast, interactive sequence searches. Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1057 (2019).
• Mirdita M, Steinegger M, Breitwieser F, Soding J, Levy Karin E. Fast and sensitive taxonomic assignment to metagenomic contigs. Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab184 (2021).