空间站广场

论文

Notebooks

比赛

课程

Apps

我的主页

我的Notebooks

我的论文库

我的足迹

我的工作空间

任务

节点

文件

数据集

镜像

项目

数据库

公开

Bohrium 帮助文档｜GROMACS

Bohrium 帮助文档

LBG Utility

GROMACS

Bohrium 帮助文档LBG UtilityGROMACS

Bohrium

MileAway

发布于 2023-10-14

推荐镜像 :Basic Image:bohrium-notebook:2023-04-07

推荐机型 :c2_m4_cpu

数据集

MACS(v1)

软件案例｜GROMACS

本文主要介绍如何利用 Bohrium 平台运行 GROMACS 任务。

简介

GROMACS 是一款开源免费的分子动力学模拟软件，遵守 LGPL v2.1 协议，常被用于生物与有机分子体系（如蛋白、磷脂、核酸等）的模拟。GROMACS 的代码全部由 C/C++ 编写，并且针对 GPU 做了高性能优化，拥有非常可观的计算速度。有关 GROMACS 更详细的介绍可参考其官方网站或文档。初学者也可参考此教程快速入门 GROMACS 的使用。

代码

文本

如何在 Bohrium 上运行 GROMACS 任务

本案例任务运行约需 1 min 30 s

步骤一，准备输入数据

GROMACS 的输入文件（包含坐标文件 conf.gro ，模拟参数文件 prod.mdp ，拓扑文件 topol.top ，运行脚本 rungmx.sh 和 lbg 配置文件 job.json ）均已存储至 Bohrium_GROMACS_example 文件夹内，（你可以在左侧点击数据集查看相应文件）：

代码

文本

[1]

# 出于安全考虑，我们没有数据集所在文件夹的写入权限，因此我们将其复制到 `/data/` 目录下:

! cp -nr /bohr/ /data/

# 我们在这里定义一些路径，并切换到工作路径，方便后续调用：

import os

bohr_dataset_url = "/bohr/bohrium-gromacs-sljh/v1/" # url 可从左侧数据集复制

work_path = os.path.join("/data", bohr_dataset_url[1:])

os.chdir(work_path)

print(f"当前路径为：{os.getcwd()}")

当前路径为：/data/bohr/bohrium-gromacs-sljh/v1

代码

文本

步骤二，准备配置文件

代码

文本

[2]

# 进入 Bohrium_GROMACS_example 文件夹

try:

os.chdir("./Bohrium_GROMACS_example")

print(f"当前路径为：{os.getcwd()}")

except:

print(f"当前路径{os.getcwd()}，请检查工作路径是否正确或数据集是否已复制。")

当前路径为：/data/bohr/bohrium-gromacs-sljh/v1/Bohrium_GROMACS_example

代码

文本

文件夹内已经包含配置文件 job.json，您也可以通过以下 Python 代码创建或编辑 job.json：

代码

文本

[4]

import json

# 设置 job.json 的参数

job_params = {

"job_name": "bohrium-gmx-example",

"command": "bash rungmx.sh > log",

"log_file": "log",

"backward_files": [],

"project_id": 0000,

"image_address": "registry.dp.tech/dptech/gromacs:2022.2",

"machine_type": "c16_m62_1 * NVIDIA T4",

"platform": "ali",

"job_type": "container"

}

with open("job.json", "w") as f:

json.dump(job_params, f, indent=4, ensure_ascii=False)

print(f"已生成 {os.path.join(os.getcwd(), 'job.json')}, \n参数为:\n{json.dumps(job_params, indent=4, ensure_ascii=False)}")

已生成 /data/bohr/bohrium-gromacs-sljh/v1/Bohrium_GROMACS_example/job.json, 
参数为:
{
    "job_name": "bohrium-gmx-example",
    "command": "bash rungmx.sh > log",
    "log_file": "log",
    "backward_files": [],
    "project_id": 0,
    "image_address": "registry.dp.tech/dptech/gromacs:2022.2",
    "machine_type": "c16_m62_1 * NVIDIA T4",
    "platform": "ali",
    "job_type": "container"
}

代码

文本

注意： "project_id":后的 0000 需要替换为您自己的项目ID，可在“项目管理”页查看。

代码

文本

步骤三，提交任务

第一次使用 Lebesgue Utility 需要配置，若您还未配置，请参阅 Bohrium 帮助文档｜Lebesgue Utility）

使用 Lebesgue Utility 提交任务（Lebesgue Utility 是 Bohrium 平台的作业管理系统）：

代码

文本

[ ]

os.system("lbg job submit -i job.json -p ./")

代码

文本

其中：

-i 指定任务的配置文件，本案例中是 job.json
-p 指定输入文件所在的目录，Bohrium 会将指定的目录打包上传，在计算节点上解压后，将工作目录切换为该目录。本案例中是 ./

在命令行看到如下输出即表示提交成功。同时可以看到任务的 JOB ID，后续可用此 ID 追踪任务进度。

代码

文本

Submit job succeed. JOB GROUP ID: <JOB GROUP ID>, JOB ID: <JOB ID>

代码

文本

查看任务

您可以在监控任务文档中了解如何在 Bohrium 平台查看任务状态。

下载结果

您可以在结果下载文档中了解如何在 Bohrium 平台下载任务结果。

代码

文本

Bohrium 帮助文档

LBG Utility

GROMACS

Bohrium 帮助文档LBG UtilityGROMACS

点个赞吧

本文被以下合集收录

Bohrium 帮助文档｜软件案例

MileAway

更新于 2024-05-12

14 篇7 人关注

别人的笔记

bohrce9030

更新于 2024-05-23

4 篇0 人关注