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Bohrium 帮助文档｜DP-GEN Auto-test
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MileAway
发布于 2023-10-16
推荐镜像 :Basic Image:bohrium-notebook:2023-04-07
推荐机型 :c32_m64_cpu
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DP-GEN Auto-test
步骤1：准备文件与文件夹
步骤2：弛豫 relaxation
步骤3：监测任务状态与运行结果

DP-GEN Auto-test

本文基于bohrium，以DP-Library中Al-Mg-Cu的势函数为例（从DPLibrary下载后用DeePMD-kit升级）进行性质计算。

注：本教程使用的软件版本：DP-GEN 0.10.6 DP-Dispatcher 0.4.16 dpdata 0.2.8

步骤1：准备文件与文件夹

首先新建一个工作目录，这里以名为autotest的文件夹为例，并把你要计算的模型文件（比如叫做graph.pb）放在里面。

在本例中，模型文件要升级到dp对应的版本，可以在DeePMD-kit镜像下使用dp convert-from 1.1 -i graph.pb -o new_graph.pb命令升级模型。dp convert-from -h 可以查看该命令的使用方式。 您可以将旧的模型命名为old_graph.pb，使用这个脚本在bohrium提交任务并回收文件，不需要开新的节点，非常便捷。

代码
文本

submit.json

代码
文本
{
    "job_name": "dp-update-model",
    "job_type": "container",
    "image_name": "registry.dp.tech/dptech/deepmd-kit:2.1.5-cuda11.6" ,
    "command": "dp convert-from 1.1 -i old_graph.pb -o graph.pb",
    "log_file": "tmp_log",
    "backward_files": ["graph.pb"], 
    "program_id": 0000,
    "platform": "ali",
    "disk_size": 200,
    "machine_type": "c16_m32_cpu"
}
代码
文本

注意： "project_id": 后的 0000 需替换为您自己的项目ID，可在“项目管理”页查看。

分别执行：

代码
文本
[ ]
! mkdir autotest
代码
文本
[ ]
cd autotest
代码
文本
[ ]
! mv <the-path-where-you-download-graph.pb>/graph.pb old_graph.pb
代码
文本
[ ]
! lbg job submit -i submit.json -p ./
代码
文本

（如果文件graph.pb没有自动回传，需要从任务管理页面下载并放在当前所在的autotest文件夹下）

注：如果您的模型不用升级，只需下列命令即可

代码
文本
[ ]
!mkdir autotest
代码
文本
[ ]
cd autotest
代码
文本
[ ]
! mv <the-path-where-graph.pb-is>/graph.pb graph.pb
代码
文本

接下来准备构象文件夹和参数文件：

代码
文本
[ ]
!mkdir confs
代码
文本
[ ]
cd confs
代码
文本
[ ]
! mkdir mp-3034
代码
文本
[ ]
cd ..
代码
文本
[ ]
!touch relaxation.json
!touch machine.json
!touch property.json
代码
文本

  1. 在confs文件夹下使用MaterialsProject的构象编号mp-xxx命名文件夹，autotest会自动从MaterialsProject下载相应构象的POSCAR文件。

    若通过MaterialsProject获得构象，需要给服务器配置API key。

    如果您在没有配置MaterialsProject的API key时使用autotest，会看到这样的报错：

代码
文本
!(base) ➜ autotest_demo dpgen autotest make relaxation.json              
NOTE: Some configuration directories are not set up yet: 
        /root/.gromacswrapper
        /root/.gromacswrapper/qscripts
        /root/.gromacswrapper/templates
NOTE: You can create the configuration file and directories with:
        >>> import gromacs
        >>> gromacs.config.setup()
/opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/gromacs/__init__.py:286: GromacsImportWarning: Some Gromacs commands were NOT found; maybe source GMXRC first? The following are missing:
['release']

  warnings.warn("Some Gromacs commands were NOT found; "
DeepModeling
------------
Version: 0.10.6
Date:    Jul-11-2022
Path:    /opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/dpgen

Dependency
------------
     numpy     1.20.3   /opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/numpy
    dpdata      0.2.8   /opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/dpdata
  pymatgen            unknown version or path
     monty  2022.3.12   /opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/monty
       ase     3.22.1   /opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/ase
  paramiko     2.10.3   /opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/paramiko
 custodian  2022.2.13   /opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/custodian

Reference
------------
Please cite:
Yuzhi Zhang, Haidi Wang, Weijie Chen, Jinzhe Zeng, Linfeng Zhang, Han Wang, and Weinan E,
DP-GEN: A concurrent learning platform for the generation of reliable deep learning
based potential energy models, Computer Physics Communications, 2020, 107206.
------------

Description
------------
You have to get a MAPI_KEY from materials.org
and execute following command:
echo "export MAPI_KEY=yourkey">> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
代码
文本

当然，您在bohrium上也可以使用～/.zshrc来配置：

代码
文本
[ ]
!echo "export MAPI_KEY=yourkey">> ~/.zshrc
代码
文本
[ ]
! source ~/.zshrc
代码
文本

MaterialsProject的API key可以在这里获得（如果没注册/登录的话，登陆之后再点这个链接就可以了）

  1. 如果使用std-xxx命名，autotest也可以自动生成相应构象，DP-GEN 0.10.6及之后版本支持std-fcc、std-hcp、std-bcc、std-dhcp、std-diamond和std-sc。
  2. 当然您也可以用其他的命名方式，在confs/<your-conf-name>下放置相应的POSCAR文件，然后使用同样的步骤（make-run-post）即可。

DP-GEN中POSCAR具体读取方式如下：

代码
文本
    if len(ele_list) == 1 or 'single' in inter_param:
        if 'single' in inter_param:
            element_label = int(inter_param['single'])
        else:
            element_label = 0
        for ii in conf_dirs:
            os.chdir(ii)
            crys_type = ii.split('/')[-1]
            dlog.debug('crys_type: %s' % crys_type)
            dlog.debug('pwd: %s' % os.getcwd())
            if crys_type == 'std-fcc':
                if not os.path.exists('POSCAR'):
                    crys.fcc1(ele_list[element_label]).to('POSCAR', 'POSCAR')
            elif crys_type == 'std-hcp':
                if not os.path.exists('POSCAR'):
                    crys.hcp(ele_list[element_label]).to('POSCAR', 'POSCAR')
            elif crys_type == 'std-dhcp':
                if not os.path.exists('POSCAR'):
                    crys.dhcp(ele_list[element_label]).to('POSCAR', 'POSCAR')
            elif crys_type == 'std-bcc':
                if not os.path.exists('POSCAR'):
                    crys.bcc(ele_list[element_label]).to('POSCAR', 'POSCAR')
            elif crys_type == 'std-diamond':
                if not os.path.exists('POSCAR'):
                    crys.diamond(ele_list[element_label]).to('POSCAR', 'POSCAR')
            elif crys_type == 'std-sc':
                if not os.path.exists('POSCAR'):
                    crys.sc(ele_list[element_label]).to('POSCAR', 'POSCAR')

            os.chdir(cwd)
    task_dirs = []
    # make task directories like mp-xxx/relaxation/relax_task
    # if mp-xxx/exists then print a warning and exit.
    # ...
    for ii in conf_dirs:
        crys_type = ii.split('/')[-1]
        dlog.debug('crys_type: %s' % crys_type)

        if 'mp-' in crys_type and not os.path.exists(os.path.join(ii, 'POSCAR')):
            get_structure(crys_type).to('POSCAR', os.path.join(ii, 'POSCAR'))

        poscar = os.path.abspath(os.path.join(ii, 'POSCAR'))
代码
文本

准备文件都在您要进行autotest的文件夹下，比如我们就叫这个文件夹autotest，那么您通过以上步骤创建的文件和文件夹有：（文件夹名为粗体）

代码
文本
autotest ──  relaxation.json
                |──  property.json
                |──  machine.json
                |──  confs ── mp-3034
                └──  graph.pb
代码
文本

步骤2：弛豫 relaxation

在autotest目录下，先准备relaxation.json，即autotest做弛豫需要的参数文件。

示例的relaxation.json如下：

代码
文本
{
    "structures":         ["confs/mp-3034"],
    "interaction": {
            "type":        "deepmd",
            "model":       "graph.pb",
            "in_lammps":   "lammps_input/in.lammps",
            "type_map":   {"Mg":0,"Al": 1,"Cu":2} 
    },
    "relaxation": {
            "cal_setting":{"etol": 1e-12,
                           "ftol": 1e-6,
                           "maxiter": 5000,
                           "maximal": 500000,
                           "relax_shape":     true,
                           "relax_vol":       true}
    }
}
代码
文本

接着在autotest目录下执行命令

代码
文本
[ ]
!dpgen autotest make relaxation.json
代码
文本
[ ]
!dpgen autotest run relaxation.json machine.json
代码
文本
[ ]
!dpgen autotest post relaxation.json
代码
文本

注：

  1. 旧版本的DP-GEN在make步骤生成脚本有问题，需要在pair_coeff后加" * *" 可使手动添加，也可以用如下命令添加
代码
文本
[ ]
!sed -i "s/pair_coeff/pair_coeff * */g" `grep pair_coeff -rl ${_Path}/${array_mp[${i}]}
代码
文本
  1. relaxation步骤仅做minimization，没有指定系综。

步骤3：计算性质 property

  • 目前autotest可以计算的性质有

    • EOS
    • Elastic
    • Vacancy
    • Surface
    • Interstitial

示例的property.json模板如下：

代码
文本
{
    "structures":       ["confs/mp-3034"],
    "interaction": {
        "type":          "deepmd",
        "model":         "graph.pb",
        "deepmd_version":"2.1.0",
        "type_map":     {"Mg":0,"Al": 1,"Cu":2}
    },
    "properties": [
        {
         "type":         "eos",
         "vol_start":    0.9,
         "vol_end":      1.1,
         "vol_step":     0.01,
        "fix_shape":true
        },
        {
         "type":         "elastic",
         "norm_deform":  2e-2,
         "shear_deform": 5e-2
        },
        {
         "type":             "vacancy",
         "supercell":        [1, 1, 1]
        },
        {
         "type":         "interstitial",
         "supercell":   [3, 3, 3],
         "insert_ele":  ["Mg","Al","Cu"],
         "conf_filters":{"min_dist": 1.5},
         "cal_setting": {"input_prop": "lammps_input/lammps_high"}
        },
        {
         "type":           "surface",
         "min_slab_size":  10,
         "min_vacuum_size":11,
         "max_miller":     1,
         "cal_type":       "static",
         "static-opt": true,
        "pert_xz":0.01,
        "relax_box":false
        }
    ]
}
代码
文本

接着在autotest目录下运行

代码
文本
[ ]
!dpgen autotest make property.json
代码
文本
[ ]
! nohup dpgen autotest run property.json machine.json &
代码
文本
[ ]
! dpgen autotest post property.json
代码
文本

注：旧版本的DP-GEN在make步骤后生成的脚本有问题，需要在pair_coeff后加" * *" 可使手动添加，也可以用如下命令添加：

代码
文本
[ ]
!sed -i "s/pair_coeff/pair_coeff * */g" `grep pair_coeff -rl ${_Path}/${array_mp[${i}]}
代码
文本

步骤3：监测任务状态与运行结果

监测任务状态参考监控任务。

运行结果获取参考DP-GEN和结果获取。

至此，autotest完成，可在confs/mp-3034/<property-name>文件夹下的result文件中查看结果。比如本例中eos的结果在confs/mp-3034/eos_00/result.out中。

代码
文本
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