PTM Prediction

1. 前言

蛋白质翻译后修饰（Post-translational modification，PTM）是指在蛋白质翻译完成之后，对蛋白质进行修饰的一系列过程，包括磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、脂质化和蛋白水解。这些修饰过程对于蛋白质的稳定性、亚细胞定位、活性调控和信号传导等方面具有重要意义。

Hermite®平台的PTM Prediction模块 提供了基于蛋白序列的蛋白质翻译后修饰预测的功能。借助Hermite平台友好的操作界面、优化的算法和灵活的云计算资源，您可以方便快速地获得蛋白质翻译后修饰的预测信息。

2. 使用方法

2.1 入口

• 左侧通用菜单栏Menu → Function → Biomacromolecule → PTM Prediction。

• 右侧出现PTM Prediction的操作框（红框内所示），整体界面如下:

2.2 操作

• Import Sequence：上传序列有两种方式：

  方式一：以 .fasta 格式文件上传；

  方式二：在Sequence框中输入序列，可通过点击Add Sequence添加多条序列。

单克隆抗体pembrolizumab帕博利珠单抗 (人源)

5GGS_1|Chains A, C|heavy chain|Homo sapiens (9606)

heavy chain QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGGINPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRDYRFDMGFDYWGQGTTVTVSS

5GGS_2|Chains B,D|light chain|Homo spapiens(9606)

light chain EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRLLIYLASYLESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPLTFGGGTKVEIK

靶向SARS-CoV-2 Spike 氮端区域的鼠源抗体（鼠源）

7SWW_2|Chain B[auth H]|SARS2-57 Fv heavy chain|Mus musculus (10090)

heavy chain EVQLQQSGAELVRPGALVKLSCKASGFNIKDYFVHWVKQRPVQGLEWIGWIDPENGNTIYGPKFQGKASLAADTSSNTGYLQLSSLTSEDTAVYYCARWDGYETLDYWGQGTSVTVS

7SWW_3|Chain C[auth L]|SARS2-57 Fv light chain|Mus musculus (10090)

light chain DIVMSQSPSSLAVSVGEKVTMSCQSSQSLLYSNNEKNYLAWYQQKPGHSPKLLLYWASTRESGVPDRFTGSGSGTAFTLTISSVKAEDLAVYYCQQYYNYPYTFGGGTKLEI

注：单条序列残基数限制在2000以内。

• Select PTM Properties：选择所要预测的PTM类型，提供13种类型，如图。

• Job Name处命名该任务。

• Submit提交任务。

3. 结果分析

3.1 入口

• 左侧通用菜单栏Menu Job → 找到所需任务。

  • 可以通过搜索Job Name找到该任务，也可以通过Job Type的筛选找到。

3.2 结果展示

3.2.1 结果展示

选择需要查看的任务，点击Operation列中的Show查看该任务的结果，界面如图所示。

3.2.2 结果说明

• PTM Prediction Result界面给出了不同PTM类型的颜色标注情况。

  • 可勾选所需PTM类型前的复选框，从而在下面的序列中显示可能发生该PTM类型的氨基酸残基位点；

  • 勾选All则展示所有的PTM类型，并且在序列中以对应颜色标注。

• Download：下载结果文件，包含输入的序列（.fasta格式）、PTM预测结果（.csv格式）。

• UnFold Line：可通过点击UnFold Line调整下列Sequence的显示。

• 鼠标悬停至彩点标注的氨基酸残基处，显示该残基可能发生的蛋白质翻译后修饰类型和预测值。