更新于 2024 年 6 月 11 日 

任何使用问题请联系：piloteye@dp.tech

最终解释权归 piloteye 团队所有

App链接：力场生成

一、功能说明

分子动力学模拟中，力场是至关重要的输入文件，它为模拟过程提供了精确且可靠的相互作用力信息。 基于自主开发的“力场生成”App，帮助用户便携、高效地获得分子的相互作用参数，即力场文件，目前支持生成GAFF类型的力场文件，该文件可直接用于进行分子动力学模拟步骤，极大地降低了用户进行分子动力学模拟的门槛。

二、使用步骤

1. 参数说明

• 结构文件：需要生成力场的分子 pdb, mol2 结构文件。
• 分子名称：不超过5个字符的分子名称。
• 分子电荷：输入分子电荷。
• 高级设置：力场生成需要的计算参数。提供默认值，用户可以对默认值进行修改。

2. 操作说明

1. 上传单个分子pdb结构文件
2. 设置分子名称，不超过5个字符。
3. 设置分子电荷
4. 如用户需要自定义更多计算参数，可勾选“高级设置”进行设置。也可以直接用平台提供的默认数值直接提交计算任务。
5. 提交成功后，可查看任务详情。
6. 计算完成后，可在 outputs 中看到输出文件。其中 itp 文件为力场参数文件；pdb 文件为优化后的结构文件。输出的 itp 与 pdb 配套使用，可直接进行分子动力学模拟计算。