Bohrium
robot
新建

空间站广场

论文
Notebooks
比赛
课程
Apps
我的主页
我的Notebooks
我的论文库
我的足迹

我的工作空间

任务
节点
文件
数据集
镜像
项目
数据库
公开
CALYPSO_SaaS 快速上手
CALYPSO
中文
Tutorial
工作流
CALYPSO中文Tutorial工作流
小锡兵
发布于 2023-08-01
推荐镜像 :calypso-bohrium:7.2.4
推荐机型 :c2_m4_cpu
赞 1
28
CALYPSO_SaaS 快速上手
目标
目录
背景
1. 任务的提交与查看
1.1 准备输入文件
1.2 提交结构预测任务
1.3 查案任务状态
2. 任务的结果分析
2.1 普通分析
2.2 结构预测演化进程可视化
2.3 变组分结构预测相图可视化
进一步阅读

CALYPSO_SaaS 快速上手

作者: 王振雨 wzy@calypso.cn 黄冠 695139851@qq.com

创建日期: 2023-04-30

最后一次修改: 黄冠 695139851@qq.com

最后一次修改时间: 2023-08

描述: 本教程不可以在 Bohrium Notebook 上直接运行，请在Bohrium节点控制台中，创建新节点-创建容器节点，镜像选择calypso-bohrium:[tag]及任何一款节点配置运行。

如您遇到任何问题，请联系 bohrium@dp.tech 。

共享协议: 本作品采用知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议进行许可。

代码
文本

目标

上手使用CALYPSO_SaaS做结构预测

阅读该教程【最多】约需 15 分钟，让我们开始吧！

代码
文本

目录

代码
文本

背景

寻找势能面上的极小值点结构是长期以来结构预测的重要目标。目前，常见的结构搜索软件包括AIRESS，Uspex，Optxcal等。

基于群体智能的CALYPSO材料结构预测方法和软件（详见 http://www.calypso.cn ），是我国自主创新发展的方法和软件，仅依据材料的化学组分即可开展材料微观原子结构的预测，已经广泛应用于晶体、表面（含二维单/多层材料）、界面、团簇和过渡态的创新性设计，并能开展功能导向（如能隙、硬度和电子密度等）的逆向材料设计。

本教程将B-N的变组分结构预测为例，介绍CALYPSO_SaaS的基本用法。

代码
文本

1. 任务的提交与查看

代码
文本
代码
文本

1.1 准备输入文件

代码
文本

安装tree以便更好地查看文件目录分级

代码
文本
[ ]
%%bash
wget http://mama.indstate.edu/users/ice/tree/src/tree-2.1.1.tgz
tar -zxvf tree-2.1.1.tgz
cd tree-2.1.1
make install
代码
文本

我们已经在CALYPSO-Example仓库为大家准备好了快速上手的案例，大家可以直接使用git命令来下载。

注意：该临时文件将在本案例末执行删除操作。

为了方便后续的可视化，我们首先需要将例子移动到/data目录下

代码
文本
[1]
cd /data
/data
代码
文本
[2]
%%bash
if ! [ -e CALYPSO-Example ]; then
git clone https://github.com/ICCMS-CALYPSO/CALYPSO-Example.git
echo "数据已下载至 CALYPSO-Example 文件夹"
elif [ -d CALYPSO-Example ]; then
echo "文件夹已存在"
fi
Cloning into 'CALYPSO-Example'...
数据已下载至 CALYPSO-Example 文件夹
代码
文本
[3]
cd /data/CALYPSO-Example
/data/CALYPSO-Example
代码
文本
[4]
!unzip CALYPSO-Bohrium-example.zip 
Archive:  CALYPSO-Bohrium-example.zip
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/run.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/del.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/INCAR_2  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/INCAR_3  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/resources.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/machine.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/INCAR_1  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/input.dat  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/back.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/workshop230518/POTCAR  
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/run.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/del.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/INCAR_2  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/INCAR_3  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/resources.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/machine.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/INCAR_1  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/input.dat  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/back.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/POTCAR  
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/INPUT_2  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/run.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/del.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/INPUT_1  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/INPUT_3  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/resources.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/O_ONCV_PBE-1.0.upf  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/pp  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/machine.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/Mg_ONCV_PBE-1.0.upf  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/abacus_example/STRU  
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/sabc/
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/sabc/input.dat.2d.singlelayer  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/sabc/input.dat.2d.multilayer  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/sabc/input.dat.cluster  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/sabc/input.dat.vsc  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/sabc/input.dat.vary.formula  
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/pso/
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/pso/input.dat.2d.singlelayer  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/pso/input.dat.2d.multilayer  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/pso/input.dat.cluster  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/pso/input.dat.vsc  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/input.dat.example/pso/input.dat.vary.formula  
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/run.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/del.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/INCAR_2  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/INCAR_3  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/resources.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/INCAR_4  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/machine.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/INCAR_1  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/input.dat  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/back.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_HCNO_example/POTCAR  
   creating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/run.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/B-PBE.upf  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/del.sh  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/resources.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/pw_input_1  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/pw_input_2  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/machine.json  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/pw_input_3  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/input.dat  
  inflating: CALYPSO-Bohrium-example/templates/qe_example/N-PBE.upf
代码
文本
[5]
cd /data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example
/data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example
代码
文本
[6]
!tree . -L 2 #查看当前文件夹下的二级目录
.
├── templates
│   ├── abacus_example
│   ├── input.dat.example
│   ├── qe_example
│   ├── vasp_HCNO_example
│   └── vasp_example
└── workshop230518
    ├── INCAR_1
    ├── INCAR_2
    ├── INCAR_3
    ├── POTCAR
    ├── back.sh
    ├── del.sh
    ├── input.dat
    ├── machine.json
    ├── resources.json
    └── run.sh

8 directories, 10 files
代码
文本

该目录下包含

  1. input.dat.example，进行晶体预测、层状结构预测、变组分结构预测（VSC）等的样例input.dat
  2. abacus_example，使用ABACUS作为第一性原理计算软件进行CALYPSO结构预测的所有需要的输入
  3. qe_example，使用QE作为第一性原理计算软件进行CALYPSO结构预测的所有需要的输入
  4. vasp_example，使用VASP作为第一性原理计算软件进行CALYPSO结构预测的所有需要的输入

下文将以vasp_example为例进行说明。

代码
文本
[7]
cd templates/vasp_example
/data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example
代码
文本
[8]
!tree .
.
├── INCAR_1
├── INCAR_2
├── INCAR_3
├── POTCAR
├── back.sh
├── del.sh
├── input.dat
├── machine.json
├── resources.json
└── run.sh

1 directory, 10 files
代码
文本

该目录中包含

  1. CALYPSO及VASP的输入文件：
    • input.dat，CALYPSO的控制文件，(详细的参数说明请参考文档说明)
    • INCAR_*，各结构逐次进行VASP优化的控制文件
    • POTCAR，VASP赝势
  2. 计算资源配置文件：
    • machine.json，dpdispatcher的参数文件，控制镜像的使用
    • resources.json，dpdispatcher的参数文件，控制每个机器运行任务的个数
  3. 辅助控制文件：
    • run.sh，CALYPSO-SaaS的任务提交脚本
    • del.sh，CALYPSO-Saas的目录清理脚本，用于在同一目录重新计算时对无用的文件进行批量删除
代码
文本

CALYPSO-SaaS的任务提交和回收全部由dpdispatcher完成，因此需要对dpdispatcher的配置文件 machine.json 进行修改，将其中的email，passwd，program_id进行相应修改

代码
文本
[9]
cat machine.json
{
  "batch_type": "Lebesgue",
  "context_type": "LebesgueContext",
  "local_root": "./",
  "remote_profile": {
    "email": "******",
    "password": "******",
    "program_id": 000000,
    "_keep_backup": true,
    "input_data": {
      "job_name": "calypso.Bohrium.test.1",
      "image_name": "******",
      "job_type": "indicate",
      "log_file": "log",
      "grouped": true,
      "disk_size": 200,
      "max_run_time": 40,
      "machine_type": "c16_m32_cpu",
      "platform": "ali",
      "on_demand": 0,
      "out_files": ["OUTCAR", "CONTCAR", "OSZICAR", "fp.log", "log", "err"]
    }
  }
}
代码
文本

注意！我们需要将账号和密码更换成我们自己的Bohurium账号密码

代码
文本
[10]
! sed -i '6c "email": "xxx",' machine.json # xxx为自己的Bohurium账号
! sed -i '7c "password": "xxx",' machine.json # xxx为自己的Bohurium密码
! sed -i '8c "program_id": xxx,' machine.json # xxx为自己的Bohurium项目ID
! sed -i '12c "image_name": "XXX",' machine.json # 选取带有vasp的镜像
代码
文本

由于我们想做convexhull的展示，我们使用vsc的例子

代码
文本
[11]
cp ../input.dat.example/pso/input.dat.vsc ./input.dat #input.data文件是最重要的输入文件，内容包含目标体系的设置、优化算法、结构优化方法等等，具体细节参考calypso的详细manual
代码
文本
[12]
cat input.dat #选取BN体系做结构预测
################################ The Basic Parameters of CALYPSO ################################
# A string of one or several words contain a descriptive name of the system (max. 40 characters).
SystemName =BN 
# Number of different atomic species in the simulation. 
NumberOfSpecies = 2
# Element symbols of the different chemical species.
NameOfAtoms = B N
# Number of atoms for each chemical species in one formula unit. 
NumberOfAtoms =  1 1
# The range of formula unit per cell in your simulation. 
NumberOfFormula = 1 1
# The volume per formula unit. Unit is in angstrom^3.
Volume=5
# Minimal distance between atoms of each chemical species. Unit is in angstrom.
@DistanceOfIon 
 1.0 0.8
 0.8 0.8 
@End
# It determines which algorithm should be adopted in the simulation.
Ialgo = 2
# Ialgo = 1 for Global PSO
# Ialgo = 2 for Local PSO (default value)
# The proportion of the structures generated by PSO.
PsoRatio = 0.6
# The popu2ation size. Normally, it has a larger number for larger systems.
PopSize = 10
# It determines which local optimization method should be interfaced in the simulation.
ICode= 1
# ICode= 1 interfaced with VASP
# ICode= 2 interfaced with SIESTA
# ICode= 3 interfaced with GULP
# The number of lbest for local PSO
NumberOfLbest=4
# The Number of local optimization for each structure.
NumberOfLocalOptim= 3
# The command to perform local optimiztion calculation (e.g., VASP, SIESTA) on your computer.
Command = sh submit.sh
# The Max step for iteration
MaxStep =5
# If True, a previous calculation will be continued.
PickUp= F
# At which step will the previous calculation be picked up.
PickStep =5
# If True, the local optimizations performed by parallel
Parallel= F
# The number node for parallel 
NumberOfParallel=4
######### The Parameters For 2D Structure Prediction #############
# If True, a 2D structure prediction is performed.
2D = F
# The number of layers
MultiLayer = 2
# The Area of 2D system
Area = 10
# The distortion value along the C axis
DeltaZ = 0
# The gap between two layers
LayerGap=2.0
MaxTime= 1800
# The vacuum gap between the top surface of the slab and the top lattice, and between the bottom surface of the slab and the bottom lattice. 
VacuumGap=40
# The number atoms for each layer
@LayerType
1 1
1 1
@End
# Minimal distance between atoms of each chemical species. Unit is in angstrom.
LAtom_Dis = 1.4
########################END 2D Parameters #########################
# If True, Variational Stoichiometry structure prediction is performed
VSC=T
VSCEnergy= 9.68045866 1.00102117
# The Max Number of Atoms in unit cell
MaxNumAtom=10
# The Variation Range for each type atom
@CtrlRange
1 5
1 3
@end
Split = T
代码
文本
[13]
cat resources.json #这个文件是激活运行环境，不需要修改
{
        "group_size": 1,
        "local_root":"./",
        "source_list": ["/opt/intel/oneapi/setvars.sh"]
}
代码
文本

1.2 提交结构预测任务

代码
文本

修改完成后，run.sh 为准备好的任务提交脚本，运行该脚本即可提交任务

代码
文本
[14]
! bash run.sh
代码
文本
[15]
pwd
'/data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example'
代码
文本

1.3 查案任务状态

代码
文本

我们在镜像中提供了命令查看任务showjob，可直接在命令行运行即可

代码
文本
[16]
!showjob
name                                PID                          work_path   
run_calypso                        2649               /data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example   
run_calypso                        2820               /data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example
代码
文本

或者可以实时的查看任务的日志文件

代码
文本
[18]
! tail -f out
2023-07-31 11:08:24,453 - INFO : job: 081e2b43890b417a2cadc6b54ccc77c1d0fa9805 submit; job_id is 8072124:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:24,992 - INFO : job: cb33c379c407608afe35ac32aa405dfbe8aa20e9 submit; job_id is 8072125:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:25,500 - INFO : job: ab41be9c9e526bf76de7f694592f87a428330f15 submit; job_id is 8072126:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:26,018 - INFO : job: a8dc84967d50a29a7a5012eb5ad3ca8abb7c49af submit; job_id is 8072127:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:26,505 - INFO : job: d73c59827492fee20b9a2e5d05e310582be340f9 submit; job_id is 8072128:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:27,006 - INFO : job: f5dda6108097b641687a4fdc221bd555f38b222a submit; job_id is 8072129:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:27,498 - INFO : job: b11036530b64a01f322558e922e6086483afb13b submit; job_id is 8072130:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:28,014 - INFO : job: 488cd426aa5de42aa29d6a18b9a30a48121c7a76 submit; job_id is 8072131:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:28,749 - INFO : job: e5a10ad93f8c5f966e06ad3e010cb52731559b09 submit; job_id is 8072132:job_group_id:11014402
2023-07-31 11:08:29,281 - INFO : job: a4c8ed8bb65a349195b236640c14e7fe2ceefe05 submit; job_id is 8072133:job_group_id:11014402
^C
代码
文本

2. 任务的结果分析

待任务结束后，我们在镜像中准备了更新的结构预测结果分析脚本cak3.py，目前该脚本除基础功能外，还支持对结构预测演化的进程可视化分析，以及对变组分结构预测的convexhull进行可视化分析。

代码
文本

2.1 普通分析

代码
文本
[1]
cd /data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/results
/data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/results
代码
文本
[2]
ls
CALYPSO.log               pso_ini_1  pso_opt_1  pso_sor_1  struct.dat
Local_Structure_List.dat  pso_ini_2  pso_opt_2  pso_sor_2
代码
文本
  • struct.dat为保存的所有结构信息
  • CALYPSO.log Local_Structure_List.dat为CALYPSO运行的日志文件与临时文件
代码
文本
[3]
!cak3.py #运行之后会将生成的结构进行汇总
5
dir_4_1/ 4
dir_4_3/ 2
dir_5_3/ 2
dir_1_1/ 8
dir_2_1/ 4
代码
文本
[5]
!tree
.
├── CALYPSO.log
├── Local_Structure_List.dat
├── convexhull.csv
├── dir_1_1
│   └── Analysis_Output.dat
├── dir_2_1
│   └── Analysis_Output.dat
├── dir_4_1
│   └── Analysis_Output.dat
├── dir_4_3
│   └── Analysis_Output.dat
├── dir_5_3
│   └── Analysis_Output.dat
├── pso_ini_1
├── pso_ini_2
├── pso_opt_1
├── pso_opt_2
├── pso_sor_1
├── pso_sor_2
└── struct.dat

6 directories, 15 files
代码
文本
[7]
cat ./dir_1_1/Analysis_Output.dat #里面存放了寻找到的能量最低的结构的相关信息
        No.      Enthalpy            0.1
   1 (  19)       1.09518     Fm-3m(225)
   2 (   6)       1.62299    P4/nmm(129)
   3 (   8)       1.79931    P6_422(181)
   4 (  14)       1.99834          P1(1)
   5 (  18)       2.20370          Cm(8)
   6 (  16)       2.63821          Cm(8)
   7 (   4)       2.74098     Pm-3m(221)
   8 (   9)       6.21152    P4/mmm(123)
代码
文本
[8]
!cak3.py --vasp -a -m "0.1 0.3 0.5" #--vasp 选择输出 vasp 格式，-a输出所有结构，-m多组对称性容忍度
5
dir_4_1/ 4
dir_4_3/ 2
dir_5_3/ 2
dir_1_1/ 8
dir_2_1/ 4
代码
文本
[9]
!tree 
.
├── CALYPSO.log
├── Local_Structure_List.dat
├── convexhull.csv
├── dir_1_1
│   ├── Analysis_Output.dat
│   ├── dir_0.1
│   │   ├── UCell_1_225.vasp
│   │   ├── UCell_2_129.vasp
│   │   ├── UCell_3_181.vasp
│   │   ├── UCell_4_1.vasp
│   │   ├── UCell_5_8.vasp
│   │   ├── UCell_6_8.vasp
│   │   ├── UCell_7_221.vasp
│   │   └── UCell_8_123.vasp
│   ├── dir_0.3
│   │   ├── UCell_1_225.vasp
│   │   ├── UCell_2_129.vasp
│   │   ├── UCell_3_181.vasp
│   │   ├── UCell_4_1.vasp
│   │   ├── UCell_5_8.vasp
│   │   ├── UCell_6_8.vasp
│   │   ├── UCell_7_221.vasp
│   │   └── UCell_8_123.vasp
│   └── dir_0.5
│       ├── UCell_1_225.vasp
│       ├── UCell_2_129.vasp
│       ├── UCell_3_181.vasp
│       ├── UCell_4_1.vasp
│       ├── UCell_5_8.vasp
│       ├── UCell_6_8.vasp
│       ├── UCell_7_221.vasp
│       └── UCell_8_123.vasp
├── dir_2_1
│   ├── Analysis_Output.dat
│   ├── dir_0.1
│   │   ├── UCell_1_1.vasp
│   │   ├── UCell_2_123.vasp
│   │   ├── UCell_3_139.vasp
│   │   └── UCell_4_131.vasp
│   ├── dir_0.3
│   │   ├── UCell_1_1.vasp
│   │   ├── UCell_2_123.vasp
│   │   ├── UCell_3_139.vasp
│   │   └── UCell_4_131.vasp
│   └── dir_0.5
│       ├── UCell_1_1.vasp
│       ├── UCell_2_123.vasp
│       ├── UCell_3_139.vasp
│       └── UCell_4_131.vasp
├── dir_4_1
│   ├── Analysis_Output.dat
│   ├── dir_0.1
│   │   ├── UCell_1_166.vasp
│   │   ├── UCell_2_123.vasp
│   │   ├── UCell_3_123.vasp
│   │   └── UCell_4_47.vasp
│   ├── dir_0.3
│   │   ├── UCell_1_166.vasp
│   │   ├── UCell_2_123.vasp
│   │   ├── UCell_3_123.vasp
│   │   └── UCell_4_47.vasp
│   └── dir_0.5
│       ├── UCell_1_166.vasp
│       ├── UCell_2_123.vasp
│       ├── UCell_3_123.vasp
│       └── UCell_4_47.vasp
├── dir_4_3
│   ├── Analysis_Output.dat
│   ├── dir_0.1
│   │   ├── UCell_1_221.vasp
│   │   └── UCell_2_166.vasp
│   ├── dir_0.3
│   │   ├── UCell_1_221.vasp
│   │   └── UCell_2_166.vasp
│   └── dir_0.5
│       ├── UCell_1_221.vasp
│       └── UCell_2_221.vasp
├── dir_5_3
│   ├── Analysis_Output.dat
│   ├── dir_0.1
│   │   ├── UCell_1_8.vasp
│   │   └── UCell_2_35.vasp
│   ├── dir_0.3
│   │   ├── UCell_1_8.vasp
│   │   └── UCell_2_35.vasp
│   └── dir_0.5
│       ├── UCell_1_8.vasp
│       └── UCell_2_35.vasp
├── pso_ini_1
├── pso_ini_2
├── pso_opt_1
├── pso_opt_2
├── pso_sor_1
├── pso_sor_2
└── struct.dat

21 directories, 75 files
代码
文本

2.2 结构预测演化进程可视化

代码
文本
[10]
!cak3.py --plotevo
代码
文本
[11]
ls#文件夹下会多出evo.png
CALYPSO.log               dir_1_1/  dir_4_3/  pso_ini_1  pso_opt_2  struct.dat
Local_Structure_List.dat  dir_2_1/  dir_5_3/  pso_ini_2  pso_sor_1
convexhull.csv            dir_4_1/  evo.png   pso_opt_1  pso_sor_2
代码
文本
[12]
#查看evo.png
from PIL import Image
img=Image.open('evo.png')
img
代码
文本

2.3 变组分结构预测相图可视化

代码
文本

运行该命令需要在input.dat中提前给定每个单质元素每原子的能量

代码
文本
[13]
!cak3.py --plotch
代码
文本
[14]
ls #运行上述命令文件夹会多出convexhull.csv与convexhull.png
CALYPSO.log               dir_2_1/                evo.png    pso_sor_1
Local_Structure_List.dat  dir_4_1/                pso_ini_1  pso_sor_2
convexhull.csv            dir_4_3/                pso_ini_2  struct.dat
convexhull.png            dir_5_3/                pso_opt_1
dir_1_1/                  e_above_hull_50meV.csv  pso_opt_2
代码
文本
[15]
#查看convexhull.png
img=Image.open('convexhull.png')
img
代码
文本
[16]
cd /data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/results/dir_1_1/dir_0.3
/data/CALYPSO-Example/CALYPSO-Bohrium-example/templates/vasp_example/results/dir_1_1/dir_0.3
代码
文本
[17]
!tree ./ #dir*下存放的是生成结构的POSCAR文件
./
├── UCell_1_225.vasp
├── UCell_2_129.vasp
├── UCell_3_181.vasp
├── UCell_4_1.vasp
├── UCell_5_8.vasp
├── UCell_6_8.vasp
├── UCell_7_221.vasp
└── UCell_8_123.vasp

1 directory, 8 files
代码
文本
[20]
#可以通过ase初步观察一下，也可以拖出来用可视化软件如VESTA等查看
from ase.io import read,write
from ase.visualize import view
CN=read('UCell_5_8.vasp',format='vasp')#读入结构信息，转为atoms object
write('image.png',CN)#保存为图片
img=Image.open('image.png')
img
代码
文本

进一步阅读

如果您希望更深入学习CALYPSO，本节提供有关该主题的更多资源。

CALYPSO项目

代码
文本
CALYPSO
中文
Tutorial
工作流
CALYPSO中文Tutorial工作流
已赞1
本文被以下合集收录
材料计算
虚白
更新于 2024-08-25
20 篇5 人关注
推荐阅读
公开
CALYPSO_SaaS VASP 快速上手
结构搜索CALYPSO
结构搜索CALYPSO
rainvibe
发布于 2023-10-09
1 赞12 转存文件
公开
CALYPSO_SaaS ABACUS 快速上手
结构搜索CALYPSO
结构搜索CALYPSO
rainvibe
发布于 2023-10-09
1 赞77 转存文件