App 介绍

分子动力学是结合经典力学定义的势函数，来对感兴趣的生物、物理、材料学等领域进行模拟和采样的算法。在蛋白质/药物设计等领域，分子动力学可作为结构预测、同源建模、分子对接、虚拟筛选等任务的下游任务。对上游的结果从动态上进行动态的分析。本应用基于开源分子动力学软件GROMACS。提供一键式的蛋白模拟/蛋白配体模拟/REST2哈密顿量分子交换副本动力学模拟工作流

最佳实践（optional）

Example 1

• 输入：蛋白质的pdb结构 模拟的温度和时间
• 输出：蛋白质分子模拟的轨迹 蛋白质的RMSD和RMSF

Example 2

• 输入：蛋白质的pdb结构和配体的sdf结构 模拟的温度和时间
• 输出：蛋白质配体复合物分子模拟的轨迹 蛋白质的RMSD和RMSF

Example 3

• 输入：蛋白质的pdb结构 需要加热的温度和加热的区域
• 输出：REST2哈密顿量分子交换副本动力学模拟结果

参考文献

M.J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J.C. Smith, B. Hess, and E. Lindahl, “GROMACS: High perfor- mance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers,” SoftwareX, 1–2 19–25 (2015).